Dekretem z 17 lipca 1529 r. bp Piotr Tomicki przyłączył do parafii krościeńskiej parafię szczawnicką, po runięciu tamtejszego starego, drewnianego kościółka parafialnego. Ponadto Dunajec podmył skarpę, na której znajdował się kościół w Krościenku, co poskutkowało najprawdopodobniej zawaleniem się części pierwotnego prezbiterium. Za mała liczba miejsc dla wiernych ze Szczawnicy oraz obawa przez podmyciem prezbiterium skłoniły ks. Marcina z Piotrkowa, ówczesnego proboszcza, do dobudowania od strony rynku nawy w 1546 r. – funkcję prezbiterium przejęła wówczas stara nawa. Historykom udało się ustalić dokładną datę tego wydarzenia na podstawie zapisu z wizytacji ks. Krzysztofa Kazimierskiego (Kazimirskiego) z 1596 r. Wynika z niego, że budowla była murowana i składała się ze starego prezbiterium (antique corpore minor) oraz nowej nawy (novum corpus), wzniesionej pięćdziesiąt lat przed wizytacją. Akta tej samej wizytacji mówią o drewnianych, bogato złoconych stropach znajdujących się nad prezbiterium i nawą.