Przed 1554 r. do parafii krościeńskiej włączono parafię grywałdzką, a w 1589 r., na zlecenie ówczesnego proboszcza, byłego notariusza biskupa krakowskiego ks. Bartłomieja Łuczkiewicza, ozdobiono ściany dobudowanej nawy świątyni polichromią, którą wykonał Jakub Korab z Nowego Targu. Na przełomie XVI i XVII w. wybudowano wieżę – po raz pierwszy o stojącej przed kościołem dzwonnicy z dwoma dzwonami (murowanej wieży na planie kwadratu) wspomina wizytator biskupi, ks. Jan Januszowski w 1608 r.; jej dach był pierwotnie smuklejszy.
Na początku listopada 1665 r. świątynia została konsekrowana przez bpa Mikołaja Oborskiego. 25 listopada 1700 r., za probostwa ks. Floriana Wróblewskiego, do parafii w Krościenku przyłączono Sromowce Niżne, z kolei w latach 1730–1740 ówczesny proboszcz ks. W. Szyguliński odstąpił Kłodne parafii tylmanowskiej oraz Krośnicę parafii Kluszkowce.