W 1755 r. w pożarze spłonął dach i malowane stropy, najbardziej ucierpiała starsza część kościoła. Proboszcz ks. Jan Szyguliński przystąpił do napraw – strop nad prezbiterium został zastąpiony sklepieniem, dobudowano zakrystię, zburzono dawne prezbiterium, które stanowiło wtedy kaplicę za ołtarzem (wskutek czego odsłonięto kryptę z trumnami kapłanów) oraz wzmocniono mury – od wewnątrz pilastrami, od zewnątrz – skarpami. Podczas remontu uszkodzono XIV-wieczne freski, przez wybicie otworu drzwiowego do nowej kruchty zniszczono XV-wieczną polichromię fundacji Jana Olbrachta oraz pokryto tynkiem uszkodzone XVI-wieczne polichromie w nawie głównej. Ks. Szyguliński zlecił także zakup nowych ołtarzy – stary ołtarz główny oddał do nowego kościoła w Tylmanowej, przy okazji pożyczając tylmanowskiej świątyni jeden z dzwonów. W 1765 r. parafię w Krościenku odwiedził ks. Jakub Zaskalski, który w następujący sposób streścił zakres robót: „Wewnątrz i na zewnątrz odnowiona, pobielona i pomalowana, murem otoczona”. Wizytator tak ocenił decyzje proboszcza: „W tym, co zrobiłeś, ani cię nie chwalę, ani ganię”.