22 października 2001 papież Jan Paweł II prekonizował go biskupem diecezjalnym Imus. 12 grudnia 2001 otrzymał święcenia biskupie i odbył ingres do katedry Matki Bożej z Pilar. Głównym konsekratorem był kardynał Jaime Sin, arcybiskup metropolita Manili, zaś współkonsekratorami Manuel Sobreviñas, emerytowany biskup Imus, i biskup Pedro Arigo, wikariusz apostolski Puerto Princesa. Jako zawołanie biskupie przyjął słowa „Dominus Est” (To jest Pan).
13 października 2011 papież Benedykt XVI mianował go arcybiskupem metropolitą Manili. Ingres do archikatedry Niepokalanego Poczęcia NMP, w trakcie którego kanonicznie objął urząd, odbył 12 grudnia 2011. 29 czerwca 2012 w bazylice św. Piotra na Watykanie odebrał od papieża paliusz metropolitalny.
24 października 2012 podczas środowej audiencji generalnej papież Benedykt XVI zapowiedział włączenie go do Kolegium Kardynałów, a 24 listopada w trakcie konsystorza w bazylice św. Piotra kreował go kardynałem prezbiterem, a jako kościół tytularny nadał mu kościół św. Feliksa z Kantalicjo. 15 czerwca 2013 uroczyście objął swój kościół tytularny w Rzymie. Brał udział w konklawe 2013, które wybrało papieża Franciszka (Jorge Mario Bergoglio) oraz w konklawe 2025, które wybrało papieża Leona XIV.