8 listopada 2006 współudziałowcy budowy portu lotniczego zawarli porozumienie, tworząc spółkę Mazowiecki Port Lotniczy Warszawa-Modlin. Udziały rozdzielono między Agencję Mienia Wojskowego (292 ha gruntów pod port), Przedsiębiorstwo Państwowe „Porty Lotnicze” oraz samorząd województwa mazowieckiego, który sfinansował część inwestycji (16 mln zł w 2006, 30 mln w 2007 i 50 mln w 2008). Miasto Nowy Dwór Mazowiecki posiadało 5% udziałów. Całkowity koszt inwestycji szacowano na 200–300 mln zł. Wicemarszałek Waldemar Roszkiewicz zapowiedział rozpoczęcie działalności portu w pierwszym kwartale 2008, z możliwym przyspieszeniem do końca 2007Rzeczpospolita, Karolina Baca: „Pierwsze loty do Modlina za półtora roku”, 9 listopada 2006, ..
12 stycznia 2007 opublikowano biznesplan portu opracowany przez Ernst & Young, zakładający rozpoczęcie działalności w październiku 2008 oraz przewiezienie miliona pasażerów w 2009. Piotr Okienczyc, prezes spółki, zapowiedział rozpoczęcie budowy terminalu i remontu drogi startowej na drugą połowę 2007.