2 maja 2007 Gazeta Wyborcza poinformowała o raporcie środowiskowym, który wskazywał na ryzyko kolizji ptaków z samolotami oraz przewidywał, że port może zostać otwarty najwcześniej zimą 2009. W grudniu 2007 wojewoda mazowiecki otrzymał poprawiony raport środowiskowy, a nową datą uruchomienia portu został przełom 2009/2010Polskie Radio Online, „Raport środowiskowy lotniska Modlin”, 21 grudnia 2007, .Gazeta Wyborcza, Krzysztof Śmietana: „Czy czapla i orzeł wstrzymają lotnisko w Modlinie”, 2 maja 2007, ..
2009–2012 10 września 2009 wojewoda mazowiecki wydał pozwolenie na budowę cywilnego portu lotniczego przez spółkę Mazowiecki Port Lotniczy Warszawa-ModlinLotnisko Modlin, „Lotnictwo”, nr 10 (2009), s. 28, . Zgodnie z zapewnieniami władz mazowieckich oraz inwestora lotnisko miało zostać oddane do użytku przed rozpoczęciem Mistrzostw Europy w Piłce Nożnej w 2012.
8 lutego 2010 obiekt został wpisany do rejestru lotnisk cywilnych przez ULCModlin w rejestrze lotnisk, „Lotnictwo”, nr 3 (2010), s. 14, . Oznaczało to, że od tego momentu mogły na nim już lądować samoloty, aczkolwiek wciąż brakowało odpowiedniej infrastruktury.