Marcina w walce z poganami.

W 1472 klasztor przejął król Maciej Korwin i podjął jego zakrojoną na szeroką skalę renowację. Zbudowano wówczas istniejące do dziś krużganki oraz inne budynki o funkcji religijnej; całość założenia ufortyfikowano.

Pod rządami opata Máté Tolnaia (1500–1535) Pannonhalma zdobyła sobie wyjątkową pozycję wśród węgierskich klasztorów benedyktyńskich, a w 1541 roku zyskała status arcyopactwa. Później klasztor został poważnie zniszczony przez pożar i w 1575 w większej części opuszczony. W 1594 został zajęty przez Turków. Mnisi powrócili do klasztoru w 1638. Dopiero później przystąpili do odbudowy uszkodzonych budynków. Za rządów arcyopata Benedeka Sajghó (1722–1768) rozpoczęto przebudowę całego założenia w stylu barokowym.

W 1786 roku zakon benedyktynów został rozwiązany przez cesarza Austrii Józefa II. W 1802 roku klasztor został ponownie otwarty i podjął funkcje edukacyjne, jako główny cel swej działalności.

Na jesieni 1944 roku klasztor znalazł się pod ochroną szwajcarskiego Czerwonego Krzyża stanowiąc schronienie dla prześladowanych Żydów.