Po 1945 roku posiadłości benedyktynów i prowadzone przez nich szkoły zostały przejęte przez państwo komunistyczne. Po 1950 roku rząd zezwolił jednak klasztorom w Győr i w Pannonhalmie na wznowienie działalności prowadzonych przez nich szkół średnich. Cały czas w klasztorze prowadzona była działalność religijna.
Idąc za wskazaniami Soboru Watykańskiego II opactwo w Pannonhalmie zaangażowało się w odnowę liturgiczną. Zespół zakonników przygotował w tym celu węgierskie tłumaczenie tekstów liturgicznych, a następnie przystosował śpiewy i melodie do węgierskich tekstów.
Po upadku komunizmu wspólnota benedyktyńska w Pannonhalmie, oprócz kontynuowania pracy edukacyjnej, angażuje się na rzecz zdefiniowania roli kościoła w zlaicyzowanym społeczeństwie.
Zwiedzanie opactwa jest możliwe wyłącznie z przewodnikiem.
Papież Jan Paweł II w Pannonhalmie W dniach 6–7 września 1996 roku podczas obchodów 1000-lecia założenia benedyktyńskiego opactwa w Pannonhalmie jego mury odwiedził papież Jan Paweł II. Było podczas jego 73 podróży apostolskiej, której celem było spotkanie z wiernymi Kościoła katolickiego na Węgrzech i umocnienie ich w wierze.