pozycji.
W sezonie 2009 Jonathan już w pierwszym wyścigu dojechał w czołowej piątce. Pierwsze podium osiągnął podczas pierwszego startu w RPA, gdzie zajął trzecie miejsce. W drugim wyścigu w San Marino Brytyjczyk odniósł pierwsze w karierze zwycięstwo. Sukces powtórzył w Niemczech, uzyskując przy okazji najszybsze okrążenie. Ostatecznie Rea zmagania zakończył na wysokim 5. miejscu, z dorobkiem ośmiu miejsc w pierwszej trójce.
W drugim roku współpracy pierwsze podium uzyskał w trzecim wyścigu sezonu, na torze Portimao, zajmując jego najniższy stopień. Podczas rundy w Holandii Brytyjczyk zdominował rywalizację, po raz pierwszy zdobywając dublet (dwa zwycięstwa). Podczas walki o ”Superpole” na amerykańskim torze Miller Motopark, Rea doznał kontuzji szyi oraz ramienia. Udało mu się wystartować zarówno w ten, jak i kolejny weekend na torze Misano Adriatico, jednak jego forma odbiegała od oczekiwanej. W kolejnych trzech eliminacjach, będąc już w pełni sprawnym – zanotował serię miejsc w pierwszej dwójce (w tym dwa zwycięstwa) w Czechach, Wielkiej Brytanii oraz Niemczech. Została jednak przerwana kolejnym upadkiem, tym razem podczas treningów we Włoszech, w wyniku czego Jonathan nie mógł wystartować w żadnym z wyścigów.