W ostatniej rundzie sezonu (we Francji) Rea nie był do końca wyleczony i pierwszy wyścig zakończył na czternastym miejscu. Z drugiego postanowił się wycofać, aby nie ryzykować poważniejszymi urazami. W efekcie przegrał trzecią pozycję różnicą zaledwie pięciu punktów z Hiszpanem Carlosem Checą.
W roku 2011 ekipa Hondy w związku ze zmianą tytułowego sponsora, zmieniła nazwę na Castrol Honda. Po dwóch solidnych rundach, Brytyjczyk zabłysnął formą, zwyciężając w pierwszym oraz plasując się na trzecie miejscu w drugim wyścigu w holenderskim Assen. Po nieudanych eliminacjach we Włoszech oraz USA, przyszła kolej na nieszczęśliwe dla Brytyjczyka San Marino. Jonathan doznał poważnej kontuzji barku, która wykluczyła go nie tylko z udziału w niedzielnych zmaganiach, ale także uniemożliwiła mu start w trzech kolejnych rundach. Rea powrócił do rywalizacji na tor Nürburgring. Johnny spisał się przyzwoicie, zajmując odpowiednio dziesiątą oraz czwartą lokatę. Fantastycznie zaprezentował się podczas kolejnych wyścigów (na torze Imola). Brytyjczyk zwyciężył w pierwszym podejściu po zaciętej walce z Japończykiem Noriyuki Hagą. Będąc na prowadzeniu w drugim starcie, posłuszeństwa odmówiła maszyna. We Francji Brytyjczyk potwierdził powrót do formy, będąc najlepszym w kwalifikacjach.