Właściwości biochemiczne Cała roślina jest trująca, zarówno dla ludzi, jak i koni, bydła i świń. Za toksyczność tego taksonu odpowiadają białka inaktywujące rybosomy i triterpenowe saponiny (głównie pochodne gipsogeniny i kwasu kwilajowego). Nasiona (zwłaszcza zarodek i liścienie) zawierają trującą gitaginę (saponinę trójterpenową), której jest do 5–7% w suchej masie, czasem nawet do 14%. Zawartość ta jest zmienna w zależności od warunków środowiska.
Mąka ze zmielonymi nasionami kąkolu jest szkodliwa dla zdrowia już przy domieszce sproszkowanych nasion w ilości 0,5%, a według niektórych źródeł już od 0,1%. Przy większych domieszkach kąkol nadaje mące sine zabarwienie i gorzki smak. Objawy zatrucia mogą wystąpić już po spożyciu 3–4 nasion kąkolu. Obróbka cieplna zmniejsza toksyczność saponin, rozkładających się częściowo w wyższych temperaturach. Po spożyciu niewielkiej ilości saponin pochodzących z kąkolu objawami zatrucia są: drapanie w przełyku, nudności i lekkie zaburzenia trawienne. Przy poważniejszych zatruciach objawami są: podrażnienie błon śluzowych (owrzodzenie śluzówki), bóle głowy i mdłości, przyspieszenie tętna i paraliż mięśni oddechowych, gorączka, majaczenie, zapalenie oskrzeli, zaburzenia rytmu serca, częściowa hemoliza krwi, rzadziej: zawroty głowy, kurcze, śpiączka.