Sezon 2008/09 3. Ligi - 1. edycja rozgrywek niemieckiej 3. Ligi w piłce nożnej.
Nowa liga została zainaugurowana po reorganizacji trzeciego poziomu rozgrywek piłkarskich w Niemczech. Wcześniej (w latach 1994-08) trzecią klasą rozgrywkową była Regionalliga. Rozgrywki toczyły się w jednej grupie i występowało w nich 20 drużyn. Po zakończeniu sezonu mistrz oraz wicemistrz awansowali bezpośrednio do 2. Bundesligi, a 3. drużyna grała w barażu o awans z 16. drużyną 2. Bundesligi. Trzy ostatnie drużyny spadły do Regionalligi.
3. Fußball-Liga Drużyny W 3. Lidze w sezonie 2008/09 występowało 20 drużyn. Drużyna Miasto Sezon 2007/08 Uwagi Drużyny, które spadły z 2. Bundesligi 2007/08: Kickers Offenbach Offenbach am Main 15. miejsce FC Erzgebirge Aue Aue 16. miejsce SC Paderborn 07 Paderborn 17. miejsce FC Carl Zeiss Jena Jena 18. miejsce Drużyny, które utrzymały się z Regionalligi Nord 2007/08: Fortuna Düsseldorf Düsseldorf 3. miejsce 1. FC Union Berlin Berlin 4. miejsce Werder Brema II Brema 5. miejsce Wuppertaler SV Borussia Wuppertal 6. miejsce Rot-Weiss Erfurt Erfurt 7. miejsce Dynamo Dresden Drezno 8. miejsce Kickers Emden Emden 9. miejsce Eintracht Brunszwik Brunszwik 10. miejsce Drużyny, które utrzymały się z Regionalligi Süd 2007/08: VfB Stuttgart II Stuttgart 3. miejsce VfR Aalen Aalen 4.