miejsce SV Sandhausen Sandhausen 5. miejsce SpVgg Unterhaching Unterhaching 6. miejsce SV Wacker Burghausen Burghausen 7. miejsce Bayern Monachium II Monachium 8. miejsce SSV Jahn Regensburg Ratyzbona 9. miejsce Stuttgarter Kickers Stuttgart 10. miejsce
Tabela Poz.KlubMPkt.MeczeBramkizwy.rem.por.zdob.stra.11. FC Union Berlin 38 78 22 12 4 59 232Fortuna Düsseldorf 38 69 20 9 9 54 333SC Paderborn 07 38 68 20 8 10 68 384SpVgg Unterhaching 38 67 20 7 11 57 465Bayern Monachium II38 59 14 17 7 54 386Kickers Emden * 38 59 16 11 11 45 447Kickers Offenbach 38 52 12 16 10 40 358SV Sandhausen 38 50 12 14 12 58 529Dynamo Dresden 38 50 13 11 14 46 4610Rot-Weiss Erfurt 38 50 13 11 14 46 4811VfB Stuttgart II 38 49 13 10 15 61 5012FC Erzgebirge Aue 38 48 12 12 14 43 4313Eintracht Brunszwik 38 45 12 9 17 46 5114Wuppertaler SV Borussia 38 45 11 12 15 36 4515SSV Jahn Regensburg 38 45 11 12 15 37 5116FC Carl Zeiss Jena 38 41 10 11 17 41 5917Werder Brema II 38 40 10 10 18 49 5818SV Wacker Burghausen 38 40 10 10 18 40 6519VfR Aalen 38 39 8 15 15 38 6020Stuttgarter Kickers 38 29 ** 7 11 20 38 71Legenda:awans do 2. Bundesligibaraże o awans do 2. Bundesligi spadek do Regionalligispadek do Oberligi źródło: 1. FC Union Berlin i Fortuna Düsseldorf awansowały do 2. Bundesligi 2009/10. SC Paderborn 07 wygrał swoje mecze barażowe i awansował do 2.