W jakiś czas po nawróceniu św. Franciszek wraz ze swoimi pierwszymi naśladowcami udał się do papieża, by uzyskać potwierdzenie swojego sposobu życia. Właśnie to wydarzenie uznaje się za moment założenia Zakonu. Zatwierdzenie ustnej reguły przez papieża Innocentego III miało miejsce prawdopodobnie 16 kwietnia 1209 roku. Ponieważ pierwsza reguła św. Franciszka nie była spisana, Kuria Rzymska nie sporządziła również żadnego dokumentu w tej sprawie. Pisemna reguła (zwana Regula bullata) została potwierdzona przez papieża Honoriusza III bullą „Solet annuere” z dnia 29 listopada 1223 roku.
W chwili śmierci św. Franciszka (1226) zakon liczył sobie ok. 5000 braci. Szybki rozwój był spowodowany z jednej strony nowatorskimi ideami założyciela i radykalizmem braci, a z drugiej: sprzyjającą atmosferą rodzącej się w Kościele powszechnej dążności do odnowy życia religijnego. Wędrujący początkowo, bez stałych siedzib bracia poczęli niebawem osiadać w klasztorach, jednakże bez charakterystycznego dla zakonów mniszych stabilitas loci. Jeszcze za życia św. Franciszka zakon został podzielony na prowincje. Na czele każdej z nich stał minister prowincjalny. Zakonem zarządzał minister generalny. Jednakże w tym pierwszym okresie istnienia zakonu struktury organizacyjne i terminologia nie były jeszcze w pełni określone.