Bracia spotykali się na kapitule. Organizowane początkowo kilka razy do roku, potem raz rocznie w okolicy Uroczystości Zesłania Ducha Świętego, ostatecznie zaś raz na kilka lat, kapituły miały charakter spotkania braterskiego. Odbywały się one w kolebce zakonu, podasyskim kościółku Matki Bożej Anielskiej, zwanym Porcjunkulą. Z powodu dużej ilości braci od 1221 na kapitule generalnej spotykali się tylko przedstawiciele prowincji. Z biegiem czasu kapituły przyjęły charakter organizacyjny: ustawodawczy i wyborczy.
Różne interpretacje reguły i praktyki dotyczące ubóstwa spowodowały powstanie podziałów. Pierwsza linia interpretacji (observantia laxata) postulowała, za cenę złagodzenia ubóstwa, podjęcie przez braci różnorakich zadań w Kościele: misji ad gentes, działalności naukowej, kaznodziejskiej. Druga linia (observantia extrema) stanowiła przeciwieństwo pozostałej. Jej cechą charakterystyczną było usiłowanie zachowywania reguły w dosłowny sposób. Trzecia linia (observantia mitigata) stanowiła wyważony kompromis. Elementy tych trzech opcji można odnaleźć w późniejszych odgałęzieniach i podziałach I i II Zakonu. Spory dotyczyły też obowiązku zachowywania zaleceń świętego zawartych w „Testamencie św.