W jej trakcie doszło do bitwy o An-Nabi Samu’il (23 kwietnia 1948 r.), która okazała się jedną z najcięższych porażek żydowskich sił Palmach w wojnie. Na samym początku I wojny izraelsko-arabskiej w maju 1948 roku wioskę zajęły oddziały jordańskiego Legionu Arabskiego. Po wojnie wieś weszła w skład terytorium okupowanego przez Transjordanię i była wykorzystywana jako wojskowe stanowisko strzegące dostępu do Jerozolimy.
Podczas wojny sześciodniowej w 1967 roku wioskę zajęły wojska izraelskie. An-Nabi Samu’il znalazła się na okupowanym przez Izrael terytorium Zachodniego Brzegu Jordanu. W latach 70. XX wieku rozebrano większość tutejszych domów, a osadnicy żydowscy usiłowali przejąć pełną kontrolę nad grobowcem proroka Samuela. W wyniku zawartego w 1993 roku Porozumienia z Oslo, utworzono Autonomię Palestyńską. Wioska An-Nabi Samu’il weszła wówczas w skład Strefy C, w której cywilną administrację oraz sprawy bezpieczeństwa sprawowali Izraelczycy. Po upadku w 2004 roku arabskiej intifady Al-Aksa, Izraelczycy przystąpili do tworzenia strefy buforowej oddzielającej ziemie gminy Jerozolimy od obszaru muru bezpieczeństwa, który oddziela terytorium Izraela od Autonomii Palestyńskiej. An-Nabi Samu’il znalazła się w obrębie tej strefy buforowej. Ze względów bezpieczeństwa wojskowego w wiosce zakazana jest działalność budowlana.