Poza nieustannym doskonaleniem metodyki nauczania Wanda Haberkantówna wprowadzała zmiany treści programowych. Odrzuciła wcześniej stosowane programy, oparte na systematyce roślin i zwierząt. Po wstępnych próbach zastosowania odrzuciła też nową metodę, wprowadzoną w Europie na początku XX wieku, polegającą na przekazywaniu młodzieży informacji o kolejnych zbiorowiskach roślinnych. Stwierdziła, że struktura naturalnych zbiorowisk jest zbyt złożona dla uczennic IV i V klasy gimnazjum, a ponadto wielu nauczycieli nie ma przygotowania, wystarczającego do przekazywania takiej wiedzy. Opracowała programy lekcji, których podstawą stało się pojęcie przystosowań (np. przystosowanie ptaków do lotu, przystosowanie roślin do suszy). To założenie wykorzystała np. planując terminy, miejsca i tematy wycieczek. Po omówieniu np. warunków, jakie panują w danym okresie na słonecznym zboczu góry zamkowej w Czersku uczennice miały odpowiedzieć na pytanie, jakich przystosowań roślin się spodziewają, a w czasie wycieczki szukały potwierdzenia swoich hipotez. Na lekcji w pracowni uczennice samodzielnie poszukiwały np. różnic między szkieletami kręgowców, należących do różnych gromad i podejmowały próby wyjaśnienia przyczyn tych różnic.