Hecker zdobył w tym okresie znaczną popularność jako kaznodzieja i wykładowca. Przemawiał m.in. w Nowym Jorku, Bostonie, Detroit, Chicago i Saint Louis. Jego metoda apologetyczna polegała w dużej mierze na przedstawianiu katolicyzmu jako odpowiedzi na pytania religijne i intelektualne współczesnego człowieka, a nie wyłącznie na polemice z protestantyzmem.
W celu dotarcia do wykształconych niekatolików opublikował Questions of the Soul (1855) oraz Aspirations of Nature (1857). W obu książkach próbował przedstawić katolicyzm jako odpowiedź odpowiednio na religijne pragnienia człowieka oraz aspiracje ludzkiej natury i rozumu.
Konflikt z redemptorystami W połowie lat 50. XIX wieku grupa amerykańskich redemptorystów zabiegała o utworzenie w Nowym Jorku anglojęzycznego domu misyjnego, który umożliwiłby prowadzenie apostolstwa skierowanego szerzej do społeczeństwa amerykańskiego. Projekt uzyskał poparcie m.in. arcybiskupa Nowego Jorku Johna Hughesa, lecz napotkał sprzeciw części władz zgromadzenia.