Studia seminaryjne sprawiały mu znaczne trudności. Źródła biograficzne opisują Heckera jako człowieka o silnych zainteresowaniach intuicyjnych i duchowych, ale mającego problemy z formalnym programem scholastycznej filozofii i teologii. Pomimo słabych wyników akademickich przełożeni uznali jego powołanie i zdolności duszpasterskie za wystarczające do dopuszczenia go do święceń.
23 października 1849 roku w Londynie przyjął święcenia prezbiteratu z rąk bp. Nicholasa Wisemana, późniejszego kardynała i pierwszego arcybiskupa Westminsteru po przywróceniu katolickiej hierarchii w Anglii. Po święceniach przez pewien czas pracował duszpastersko w Wielkiej Brytanii.
Misje w Stanach Zjednoczonych W 1851 roku Hecker wrócił do Stanów Zjednoczonych i wszedł w skład anglojęzycznej grupy misyjnej redemptorystów. Współpracował m.in. z Augustine'em Hewitem, Clarencem Walworthem, George'em Deshonem i Francisem Bakerem. Prowadzili misje parafialne w różnych częściach kraju, starając się zarówno pogłębiać życie religijne katolików, jak i przedstawiać katolicyzm osobom należącym do wspólnot protestanckich.