Rozważał równocześnie przystąpienie do Kościoła episkopalnego, pozostając przez pewien czas niezdecydowany pomiędzy anglikanizmem i katolicyzmem.
Wiosną 1844 roku przebywał w Concord, gdzie studiował języki klasyczne pod kierunkiem George'a Bradforda. Wynajmował wówczas pokój w domu rodziny Henry'ego Davida Thoreau. W tym okresie Orestes Brownson poinformował go o własnej decyzji przejścia na katolicyzm i zachęcił Heckera do ostatecznego rozstrzygnięcia jego poszukiwań religijnych.
Na początku sierpnia 1844 roku Hecker został przyjęty do Kościoła katolickiego przez biskupa koadiutora Nowego Jorku Johna McCloskeya w dawnej katedrze św. Patryka przy Mott Street. W literaturze jako datę chrztu najczęściej podaje się 2 sierpnia 1844 roku. W następnym roku Hecker wraz z bratem George'em przyjął bierzmowanie.
Redemptoryści Po konwersji Hecker zaczął rozważać życie zakonne i kapłaństwo. W 1845 roku wstąpił do nowicjatu redemptorystów w Sint-Truiden w Belgii, a 15 października 1846 roku złożył śluby zakonne. Formację kontynuował w europejskich domach redemptorystów w Belgii, Holandii i Niemczech.