Po opuszczeniu Brook Farm w lipcu 1843 roku przebywał krótko we wspólnocie Fruitlands, założonej przez Amosa Bronsona Alcotta i Charlesa Lane'a. Pobyt w obu wspólnotach umożliwił mu intensywne zajmowanie się własnym życiem duchowym, jednak Hecker nie przyjął w pełni transcendentalistycznego przekonania o wystarczalności indywidualnego doświadczenia religijnego. Coraz bardziej interesowała go możliwość połączenia osobistego doświadczenia religijnego z autorytetem historycznego Kościoła.
Z okresu tych poszukiwań zachował się dziennik Heckera obejmujący znaczną część lat 1842–1845. Zapiski dokumentują jego zainteresowanie transcendentalizmem, mistyką, problemem autorytetu religijnego oraz stopniowe zbliżanie się do chrześcijaństwa instytucjonalnego. Dziennik został później wydany krytycznie pod tytułem Isaac T. Hecker: The Diary: Romantic Religion in Ante-Bellum America.
Przejście na katolicyzm Na przełomie 1843 i 1844 roku zainteresowanie Heckera Kościołem katolickim znacznie wzrosło. Studiował m.in. Katechizm Soboru Trydenckiego, a szczególne znaczenie miała dla niego katolicka doktryna o świętych obcowaniu.