Z czasem jego zainteresowania przesuwały się od polityki ku problemom religijnym. Hecker doszedł do przekonania, że reformy instytucjonalne nie wystarczą bez przemiany moralnej człowieka. W tym okresie poznawał różne nurty amerykańskiego protestantyzmu oraz współczesne mu systemy filozoficzne, poszukując wspólnoty religijnej odpowiadającej jego doświadczeniom wewnętrznym.
W 1841 roku poznał Orestesa Brownsona, jednego z najbardziej znanych amerykańskich intelektualistów i reformatorów społecznych swojej epoki. Brownson, będący wówczas duchownym unitariańskim, wywarł znaczny wpływ na rozwój intelektualny Heckera. Ich znajomość przekształciła się w wieloletnią przyjaźń i korespondencję, trwającą także po późniejszym przejściu obu na katolicyzm.
Brook Farm i Fruitlands W 1843 roku Hecker zamieszkał na kilka miesięcy w Brook Farm, utopijnej wspólnocie założonej w West Roxbury w stanie Massachusetts przez George'a Ripleya. Wspólnota związana była z amerykańskim transcendentalizmem i przyciągała przedstawicieli środowiska intelektualnego Nowej Anglii. W tym okresie Hecker zetknął się z kręgiem związanym m.in. z Ralphem Waldo Emersonem, Henrym Davidem Thoreau i Bronsonem Alcottem.