Po pogorszeniu się sytuacji rodzinnej pracował początkowo przy metodystycznym czasopiśmie, a następnie w przedsiębiorstwie piekarniczo-młynarskim prowadzonym przez jego starszych braci Johna i George'a.
Pomimo ograniczonej edukacji szkolnej Hecker dużo czytał samodzielnie i interesował się filozofią, religią oraz problemami społecznymi. Według jego wczesnych biografów podczas pracy w piekarni czytał m.in. Krytykę czystego rozumu Immanuela Kanta. Jednocześnie interesował się sytuacją robotników oraz projektami reform społecznych.
Działalność polityczna i poszukiwania religijne Rodzina Heckerów była związana z demokratycznym nurtem polityki nowojorskiej okresu prezydentury Andrew Jacksona. Bracia Heckera sympatyzowali z ruchem Locofocos, radykalnym skrzydłem Partii Demokratycznej domagającym się reform gospodarczych i politycznych. Sam Isaac jako młody człowiek również uważał początkowo reformę polityczną i społeczną za podstawową drogę poprawy sytuacji człowieka.