W systemach radaru wtórnego (SSR) stosowany jest także: MOD S (MS) – tryb wykorzystujący niepowtarzalny 24-bitowy adres statku powietrznego (tzw. adres ICAO).
W lotnictwie cywilnym w trybie Mode A/3A transponder przekazuje czterocyfrowy kod (4096 możliwych kombinacji), a w trybie Mode C – dodatkowo informację o wysokości barometrycznej. W trybie Mode S możliwe jest przekazywanie m.in. identyfikacji statku powietrznego, wysokości barometrycznej oraz (w zależności od wyposażenia) rozszerzonych funkcji, w tym transmisji extended squitter dla ADS-B oraz zrzutowania danych pochodzących z systemów pokładowych (tzw. enhanced surveillance).
W zastosowaniach wojskowych (obok trybów jawnych) używa się trybów szyfrowanych, w tym Mode 4 i Mode 5. W NATO Mode 5 opisuje się jako tryb, w którym na zakodowane zapytanie transponder odpowiada zakodowaną odpowiedzią, co ma umożliwiać odróżnianie statków powietrznych własnych od przeciwnika.
Odpowiedni rodzaj pracy systemu włącza operator naciskając odpowiedni klawisz wyboru modu na płycie czołowej interrogatora lub pulpitu sterującego. Mody cyfrowe przyjmuje się jako wojskowe, a literowe jako cywilne.