Lata 1939–1945 Podczas II wojny światowej poza pracą zarobkową prowadziła tajne wykłady na Wydziale Lekarskim zakonspirowanego w Warszawie Uniwersytetu Poznańskiego i na Wydziale Farmacji Uniwersytetu Warszawskiego. W 1940 mąż Wandy, podporucznik uzbrojenia rezerwy Marian Polaczek został zamordowany przez sowietów w Charkowie w ramach zbrodni katyńskiej. Po powstaniu warszawskim dostała się do niewoli i została wywieziona na roboty do Niemiec do pracy przy układaniu torów kolejowych, a następnie pracowała w fabryce chemicznej „Goda” we Wrocławiu, gdzie przetrwała walki w ramach Festung Breslau ukrywając się w gruzach. Po przejściu frontu udało się jej przedostać do Warszawy, gdzie 15 kwietnia 1945 zgłosiła się do pracy na Politechnice. Gdy 22 maja 1945 odbyło się posiedzenie Rady Wydziału Chemicznego prof. Wanda Polaczkowa była jednym z pięciu członków zasiadających w tej radzie.
Po 1945 Od roku akademickiego 1945/1946 Wanda pełniąc funkcję zastępcy profesora kierowała Katedrą Chemii Organicznej (na tym stanowisku pracowała do 1971, kiedy przeszła na emeryturę). W 1948 uzyskała tytuł profesora nadzwyczajnego, a dziewięć lat później zwyczajnego.