Kulminacyjnym punktem pierwszych lat kariery Thorkildsena była siódma lokata mistrzostw Europy juniorów w 1999 w Rydze.
Rekordy w poszczególnych kategoriach wiekowych WiekRezultatWaga oszczepuRokWiekRezultatWaga oszczepuRok1351,88 m600 g19951453,82 m800 g19961462,98 m600 g19961661,57 m800 g19981679,50 m600 g19981772,11 m800 g19991877,48 m800 g2000 thumb|Andreas Thorkildsen podczas I ligi pucharu Europy w Leirii (2008)
Lata 2000–2003 W roku 2000 trafił pod opiekę trenera Åsmund Martinsena. W tym samym roku Thorkildsen zdobył swój pierwszy medal w mistrzostwach Norwegii w kategorii seniorów. Uzyskując wynik 72,72, zajął drugie miejsce, przegrywając tylko z Ronnym Nilsenem. Jesienią 2000 roku podczas mistrzostw świata juniorów w Santiago wywalczył srebrny medal, rzucając na odległość 76,34. Rezultatem tym ustanowił nowy rekord swojego kraju w kategorii juniorów.