Stanisław Michalski rozpoczął naukę w domu, pod opieką rodziców i brata matki – Franciszka, humanisty z doświadczeniem pedagogicznym (po jego powrocie z zesłania na Syberię po powstaniu 1863). W kolejnych latach skończył szkołę 7-klasową w Równem, a następnie cesarską szkołę techniczną w Petersburgu (1881–1887). Praktykę zawodową odbył w przędzalni pod Moskwą (1889), nawiązując w tym czasie więzi ze studiującą w Moskwie polską młodzieżą. Rozpoczął działalność w Kole Polskim studentów moskiewskiego Instytutu Technologicznego jako organizator czytelnictwa i bibliotekarz w tajnej bibliotece. Czytał polskie czasopisma pozytywistyczne, planował opracowanie katalogu książek naukowych, ułatwiającego korzystanie z zasobów biblioteki. Był pod dużym wpływem myśli Aleksandra Świętochowskiego, Stanisława Krzemińskiego i Artura Górskiego.
Po powrocie do Polski przejściowo prowadził prywatne lekcje w Równem, a od 1889 roku pracował w warszawskiej firmie „K. Rudzki i S-ka” (m.in. prace biurowe, nadzorowanie budowy warszawskich szpitali). Po trzech latach dostał wymówienie. Otrzymał propozycję wyjazdu do Rosji z zadaniem nadzoru wodociągowych prac firmy Rudzkiego lub do pracy jako nauczyciel w szkołach technicznych Rosji, prowadzonych przez Instytut Technologiczny.