Z obu propozycji nie skorzystał i pozostał w Warszawie.
Działalność oświatowa przed II wojną światową Organizacja bibliotek W 1893 roku Stanisław Michalski został zatrudniony jako inżynier w firmie Droga Żelazna Warszawsko-Wiedeńska, w której pracowało wielu przedstawicieli warszawskiej inteligencji (była uważana za polskie centrum polityczno-oświatowe). Michalski pełnił tu rolę „kolejowego ministra oświaty”: pracował w zakładowej bibliotece i szkole elementarnej w Żbikówku oraz działał w Kolejowym Stowarzyszeniu Oświatowym „Jedność”. Równocześnie (od roku 1891) pracował w Czytelniach Bezpłatnych, prowadzonych przez charytatywne Warszawskie Towarzystwo Dobroczynności, które na początku XX w. było jedyną formą legalnej działalności oświatowej w Królestwie PolskimDopiero w 1905 roku powołano Towarzystwo Kursów Naukowych, jedyną jawną polską uczelnię wyższą (do czasu powołania UW i PW w 1915 roku).. Był również jednym z organizatorów Biblioteki Publicznej w Warszawie oraz Towarzystwa Biblioteki Publicznej.
Ze względu na intensywną rusyfikację na ziemiach polskich w tym okresie działacze polskich czytelni byli nieustannie inwigilowani. Stanisław Michalski był trzykrotnie aresztowany i więziony na Pawiaku i w Cytadeli (m.in. w grudniu 1899).