IRU dążyła do obalenia prezydenta Uzbekistanu Isloma Karimova, wobec czego została ona oskarżona przez rząd Uzbekistanu o zorganizowanie zamachów w Taszkencie w lutym 1999 roku.
Jej założycielami byli Juma Namangoniy (obecnie prawdopodobnie nie żyje) oraz Tohir Yoʻldosh (zabity w nalocie w Południowym Waziristanie 27 sierpnia 2009), pochodzący z Namanganu, uzbeckiego miasta leżącego w Kotlinie Fergańskiej. Obaj brali wcześniej udział w wojnie domowej w Tadżykistanie (1992–1997).
Islamski Ruch Uzbekistanu dąży do osiągnięcia swoich celów głównie metodami terrorystycznymi i militarnymi. Do najbardziej spektakularnych akcji należą przede wszystkim tzw. kryzysy batkeńskie. W sierpniu 1999 bojownicy Islamskiego Ruchu Uzbekistanu przedarli się z Tadżykistanu do Uzbekistanu i Kirgistanu. W rejonie miasta Batken w Kirgistanie doszło do starć partyzantów IRU z wojskami uzbeckimi i kirgiskimi. Wzięto także zakładników. Do ponownego ataku IRU w tym samym rejonie doszło latem 2000 roku. Walki trwały do jesieni.