W końcu lat 90. nasiliły się represyjne działania władz uzbeckich wobec IRU. Jednocześnie uzbeckie formacje fundamentalistów islamskich zintensyfikowały działalność terrorystyczną. Przy czym administracja prezydenta Karimova wielokrotnie wykorzystywała oskarżenie o związki z muzułmańskimi terrorystami jako argument w walce z opozycją polityczną i organizacjami niezależnymi. Władze Uzbekistanu wskazywały na działalność terrorystów islamskich jako główną przyczynę wystąpień społecznych w Andiżanie w maju 2005.
Jednym ze źródeł utrzymania są dochody z przemytu narkotyków w regionie Azji Centralnej. Uważa się także, że IRU jest finansowany przez inne międzynarodowe grupy fundamentalistów islamskich oraz jest związana z Al-Ka’idą. W związku z tym zwalczany jest nie tylko przez władze Uzbekistanu i innych państw Azji Centralnej, ale również przez władze Stanów Zjednoczonych (IRU jest wpisany na listę organizacji terrorystycznych Departamentu Stanu USA).
W połowie 2015 roku lider IRU Usmon Gʻoziy zdeklarował, że ruch jest częścią Państwa Islamskiego.