Prace budowlane rozpoczęto dwa lata później, szybko jednak zostały one przerwane w wyniku niesprzyjającej sytuacji polityczno-społecznej, budowa świątyni poczęła bowiem budzić sprzeciw w szerszych kołach radykalnego obozu katolickiego – katolicy traktowali kwestię powstania nowej świątyni luterańskiej jako złamanie sankcji karnych nałożonych na Toruń po tumulcie. Na tej podstawie król August III 11 czerwca 1743 roku wydał zakaz budowy kościoła, bojąc się wybuchu nowych starć na tle religijnym. W 1754 królewską decyzją zezwolono na wykorzystanie istniejących już fundamentów świątyni, w celu wzniesienia domu modlitwy. Budynek ten nie mógł jednak przypominać kościoła, a jedynie skromną kamienicę mieszczańską. Jako że twórca poprzedniej koncepcji architektonicznej świątyni już nie żył, powstała potrzeba znalezienia nowego architekta. Został nim młody, wówczas 26-letni, budowniczy – pochodzący z Torunia Efraim Schroeger. Opracowany przez niego projekt zatwierdzono w 1755, już 18 lipca 1756 nastąpiło uroczyste poświęcenie kościoła. Pracami budowlanymi kierował August Konrad Hoffmann.