Ponieważ w międzyczasie wyczerpały się fundusze, przeprowadzono kwestę w Gdańsku, Elblągu, Malborku i w Grudziądzu, a ponieważ nie wystarczała, na dwuletnią kwestę zagraniczną (w latach 1755–1757) do państw Europy Zachodniej udał się Samuel Luther Geret.
Oprócz nabożeństw w języku niemieckim, do 1797 odbywały się także polskie. W postaci bezwieżowego domu modlitwy budowla dotrwała do schyłku XIX w. Wprawdzie w 1856 powołano do życia Towarzystwo Budowy Wieży, jednak zbiórka szła dość opieszale i dopiero w 1891 Berlińskie Towarzystwo Architektów rozpisało konkurs, na którym wybrano neobarokowy projekt Hugona Hartunga i Carla Schäfera. Ostatecznie wieżę wzniesiono w latach 1897–1899 według projektu Hartunga.
Podczas II wojny światowej Niemcy planowali wyburzyć wieżę kościoła, w ramach prac nad budową Kulturhaus (Centrum Kultury).
W 1945 roku kościół zajął bez żadnego tytułu prawnego zakon jezuitów. Po zabezpieczeniu i częściowym uporządkowaniu zdewastowanej świątyni, 8 czerwca odbyło się poświęcenie kościoła. Tego samego dnia zmieniono wezwanie na Ducha Świętego. Dopiero w maju 1989 roku kościół wraz z budynkiem duszpasterstwa władze PRL przyznały kościół na własność jezuitom.
28 maja 2023 roku bp Wiesław Śmigiel dokonał poświęcenia kościoła św.