Bardziej wyspecjalizowaną do walki elektronicznej wersją Intrudera był EA-6B Prowler, wydłużony i przebudowany samolot z czteroosobową załogą i nowocześniejszymi systemami. Wyprodukowano 170 egzemplarzy maszyn tego typu, które pozostają w służbie do chwili obecnej (2006). Maszyny te zastąpiły zbudowany na bazie General Dynamics F-111 Aardvark samolot General Dynamics EF-111A Raven, nazywany również Spark Vark. Planuje się, że następcą Prowlera będzie specjalna wersja samolotu EF-18 Growler Super Hornet.

NA-6A Oznaczenie sześciu maszyn z których trzy to YA-6A, a trzy pozostałe to A-6A, które zmodyfikowano do celów testowych.

YEA-6A Jeden YA-6A na podstawie którego powstał prototyp EA-6A.

YEA-6B Oznaczenie dwóch prototypów EA-6B przeznaczonych do celów testowych.

NEA-6A Jeden egzemplarz EA-6A zmodyfikowany do celów testowych.

Użycie bojowe Intruderów thumb|A-6E Intruder lądujący na lotniskowcu USS „Dwight D. Eisenhower” Pierwsze użycie bojowe samolotów A-6A Intruder miało miejsce podczas wojny w Wietnamie, gdzie intensywnie używano ich do atakowania celów naziemnych. Zadebiutowały bojowo 1 lipca 1965 roku z lotniskowca USS „Independence” (CV-62) (eskadra VA-75).