Wersja samolotu przeznaczona do walki elektronicznej i przeciwdziałania radioelektronicznego ECM została opracowana na początku projektu A-6 Intruder dla potrzeb lotnictwa piechoty morskiej, jako następca przestarzałego F3D Skynight. Pierwsza wersja Intrudera do walki elektronicznej oznaczona początkowo jako A2F-1Q, a później jako EA-6A została oblatana 26 kwietnia 1963 roku. Maszyna była wyposażona w urządzenia ECM zainstalowane w charakterystycznej opływowej gondoli na szczycie statecznika pionowego. Teoretycznie EA-6A miał możliwość przenoszenia pocisków przeciwradarowych AGM-45 Shrike, ale nigdy ich nie stosowano.
Zbudowano tylko 28 egzemplarzy EA-6A włączając 2 maszyny prototypowe, 15 nowych samolotów i 11 przebudowanych z A-6A, a głównym polem działania tych maszyn była wojna w Wietnamie. W połowie lat 70. maszyny zostały wycofane z jednostek liniowych i zostały przeniesione do rezerwy i celów szkoleniowych. Ostatnia maszyna zakończyła służbę w 1993 roku.