Nie chcąc dopuścić do eskalacji konfliktu, Ratonhnhaké:ton powstrzymuje wojowników, nie może jednak przekonać swojego przyjaciela z dzieciństwa, Kanen’tó:kona, i zmuszony jest do zabicia go.
W międzyczasie Desmond co jakiś czas wybudzany jest z animusa, aby na Manhattanie i w Brazylii odzyskać ogniwa konieczne do aktywowania świątyni, zanim zdobędzie je templariusz Daniel Cross. William udaje się po ostatnie ogniwo, zostaje jednak porwany przez templariuszy. Desmond wyrusza do ich siedziby w Abstergo Indistries, zabija Crossa i Warrena Vidica i ratuje ojca.
Ratonhnhaké:ton zaczyna mieć wątpliwości co do wyeliminowania templariuszy, mając nadzieję na nawiązanie współpracy z ojcem w celu osiągnięcia wspólnej wizji pokoju i wolności. Kenway wierzy jednak, że wolność prowadzi do chaosu, a koniecznością jest kontrola nad narodem, co ma umożliwić zastąpienie Washingtona Charlesem Lee. Po próbie sabotowania ważnej walki Lee zostaje obwołany przez Washingtona zdrajcą i ucieka do Fortu George. Ratonhnhaké:ton przenika do fortu, gdzie staje naprzeciwko swojego ojca – zabija go w wyniku pojedynki. Następnie Ratonhnhaké:ton zabija Lee i odzyskuje Klucz. Po wyeliminowaniu templariuszy w koloniach wraca do swojej wioski, znajduje ją jednak pustą.