Dzięki reformie tej szkoły oraz dalszemu rozwinięciu w niej praktyk tantrycznych przez Congkhapę w XV wieku powstała nowa tradycja gelugpa. Zanim w XIII wieku kultura buddyjska w Indiach została zniszczona przez ekspansję hinduizmu, islamu i najazdy plemion muzułmańskich, wadżrajanę przeniesiono z Indii dzięki mistrzowi Tāranātha (Wylie. rje btsun tā ra nā tha, 1575-1635 r.), którego nauki stały się podstawą tybetańskiej szkoły dzionangpa. W ostatnich wiekach istniejące nauki różnych tradycji usystematyzowano i rewitalizowano, chroniąc je przed zanikiem, za sprawą takich uczonych jak Dziamgon Kongtrul Lodro ThajeJamgön Kongtrul Lodrö Tayé: „THE TREASURY OF KNOWLEDGE, Book Eight, Part Four: Esoteric Instructions, A Detailed Presentation of the Process of Meditation in Vajrayana”, Snow Lion Publications, ..
Obecnie nauki wadżrajany praktykowane są szczególnie w buddyzmie tybetańskim, w szkołach ningma, sakja i kagju, gelug, gdzie występują unikalne przekazy tantr jogi najwyższej. Jednak wadżrajana związana z innym rodzajami tantr występuje również w Japonii w tradycji shingon. W XX wieku na skutek represji chińskich w Tybecie buddyzm został niemal całkowicie zniszczony. Podobnie stało się w komunistycznej Mongolii.