Dorobek naukowy Zainteresowania naukowe prof. Witkowskiego skupiały się na ichtiologii i w szczególności dotyczyły biologii i ekologii, ryb łososiowatych, faunistyki, systematyki, zoogeografii oraz ochrony słodkowodnych ryb Europy. Był autorem lub współautorem 345 prac opublikowanych w czasopismach zagranicznych oraz krajowych, w tym 2 książek, 22 rozdziałów w książkach (w tym 5 wydanych za granicą), 129 prac oryginalnych, 72 artykułów przeglądowych, 6 recenzji książek, 72 komunikatów i abstraktów na konferencjach krajowych, jak i zagranicznych oraz 41 artykułów popularnonaukowych. Do jego najważniejszych publikacji należą: A taxonomic study on fresh-water Sculpins of genus Cottus Linnaeus, 1758 (Cottus gobio L. and Cottus poecilopus Heck.) in Poland, wyd. UWr, Wrocław 1979. Lipień, wyd. PWRiL, Warszawa 1984. Przyroda Parku Narodowego Gór Stołowych, wyd. PNGS, Kudowa-Zdrój 2008 (redaktor).
Ordery i odznaczenia
Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski Złoty Krzyż Zasługi (1995) Odznaka honorowa „Za Zasługi dla Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej” (2009) Odznaka honorowa „Zasłużony dla Rolnictwa” (2009) Odznaka „Zasłużony dla m.