1 października 1989 przeszedł na emeryturę.
Zmarł w Warszawie, pochowany 27 marca 2002 na cmentarzu Bródnowskim (kwatera 112P-1-1).
Instytut Pamięci Narodowej ustalił, że w okresie 1967–1975 Stefan Tarczyński pełnił rolę kontaktu operacyjnego kontrwywiadu Służb Bezpieczeństwa o pseudonimie „Turysta”Lustracja i weryfikacja naukowców PRL, Tarczyński Stefan.
Publikacje naukowe Stefan Tarczyński był autorem licznych prac naukowych i publikacji, m.in.Wirtualny Gabinet Rycin Uniwersytetu Jagiellońskiego, Tarczyński Stefan: Robaki pasożytnicze i wywołane przez nie robaczyce świń (autor, 1959) Zarys parazytologii systematycznej (autor) Historia weterynarii i deontologia (współautor) Zarys historii polskiej weterynarii z podstawami deontologii (praca zbiorowa pod redakcją Stefana Tarczyńskiego) Pasożyty zewnętrzne: ich biologia oraz znaczenie dla zdrowia i gospodarki człowieka (autor) Pasożyty wewnętrzne ludzi i zwierząt (autor) Choroby bydła (współautor)