1991–2009 30 kwietnia 1991 r. Miejski Zakład Komunikacyjny w Szczecinie powrócił jako samodzielne przedsiębiorstwo wskutek podziału WPKM. W listopadzie 1991 r. testowano nowe kasowniki firmy Autokomp i karty magnetyczne umożliwiające płatność za przejazdy. W tym samym roku Szczecin otrzymał z fabryki Konstal dwa tramwaje typu Konstal 106Na z rozruchem tyrystorowym. 1 stycznia 1992 r. finansowanie MZK stało się zadaniem samorządu (wcześniej środki finansowe przekazywał wojewoda szczeciński z budżetu państwa). W grudniu 1992 r. MZK dawało zatrudnienie 3486 pracownikom. Jesienią 1993 r. MZK prowadziło badania pod kątem możliwości budowy tunelu tramwajowego od ulicy Krzywoustego do ulicy Wyszyńskiego.

W 1994 r. MZK obsługiwało następujące linie tramwajowe:

2 Dworzec Niebuszewo – Basen Górniczy 3 Dworzec Niebuszewo – Pomorzany 4 Pomorzany – Potulicka 5 Krzekowo – Stocznia Szczecińska 6 Gocław – Pomorzany 7 Krzekowo – Basen Górniczy 8 Gumieńce – Basen Górniczy 9 Głębokie – Potulicka 11 Pomorzany – Ludowa 12 Dworzec Niebuszewo – Pomorzany