26 października 1995 r. MZK przedstawiło nowe malowanie zakładowe: obowiązujące od lat 50. XX wieku barwy kremowo-czerwone zastąpiono barwą białą z dodatkiem czerwono-granatowych pasów. W 1996 r. MZK Szczecin zakupiło 32 używane tramwaje Düwag GT6 z Düsseldorfu. Pierwszy taki tramwaj włączono do eksploatacji 26 marca 1996 r. 1 listopada 1999 r. ze struktur MZK wydzielono Szczecińskie Przedsiębiorstwo Autobusowe „Klonowica” oraz Szczecińskie Przedsiębiorstwo Autobusowe „Dąbie”. W 2003 r. MZK zatrudniało 698 pracowników. 1 października 2004 r. zlikwidowano zajezdnię Niemierzyn, a stacjonujący w niej tabor przeniesiono do zajezdni Pogodno i Golęcin. W 2005 r. MZK przedstawiło plany zmiany schematu malowania tramwajów. Zaproponowano malowanie granatowo-turkusowo-granatowe, kremowe z czerwonym pasem i karminowo-szaro-karminowe. Ostatecznie zmodyfikowano ówcześnie obowiązujące malowanie poprzez wprowadzenie w miejscu koloru białego koloru kremowego i czerwonego, pozostawiając granatowo-czerwone paski. Zimą 2005 r. do zajezdni Niemierzyn, w której planowano otwarcie muzeum techniki, przetransportowano pierwsze zabytkowe wagony tramwajowe. Na przełomie kwietnia i maja 2006 r. MZK testowało wypożyczone z Berlina tramwaje typu Tatra KT4DtM. Jesienią zdecydowano o zakupie 21 takich tramwajów.