W październiku 1914 Clayton awansował na dyrektora wywiadu Departamentu Arabskiego i był pośrednikiem między Foreign and Commonwealth Office a Arabami. Odegrał istotną rolę w działalności Thomasa Lawrence’a, który tak opisał Claytona: „był idealnym liderem dla takiego zespołu dzikich ludzi jak my. Był spokojny, indywidualista o jasnej wizji, z wielką odwagą podejmowania śmiałych decyzji. Pozwolił podwładnym na dużą swobodę. Jego poglądy tak jak i jego wiedza były ogólne, pracował poprzez własny wpływ, bez wydawania głośnych poleceń. Nie było łatwo dojrzeć jego wpływy. Był jak cieknąca woda, przenikająca, cicho pełznąca i przesiąkająca przez wszystko. Nie można było powiedzieć, gdzie Clayton był, a gdzie nie był, o ile nie chciał aby ktoś to o nim wiedział.”

W 1916 otrzymał awans na generała brygady (General Brigadier) w Sztabie Generalnym Egipskiego Korpusu Ekspedycyjnego, a w 1917 został głównym oficerem politycznym gen. Edmunda Allenby.