Późniejsza kariera Po zakończeniu wojny Clayton pracował jako doradca w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych Egiptu (lata 1919–1922). W kwietniu 1923 objął stanowisko głównego sekretarza w Mandacie Palestyny. Miał on duże zastrzeżenia do deklaracji Balfoura, gdyż twierdził, że wspieranie syjonizmu doprowadzi do tego, że społeczność żydowska w Palestynie stanie się światowym centrum żydowskim pod brytyjską administracją. W jego ocenie będzie to źródłem licznych problemów. Uważał, że zawarta w 1916 umowa Sykes-Picot oddaje obszar Syrii pod kontrolę Francji, i opowiadał się za pozostawienie całości Bliskiego Wschodu pod brytyjską administracją. Podkreślał, że Wielka Brytania powinna nadal współpracować z Arabami, usiłując godzić swoje imperialne interesy z narodowymi ambicjami arabskimi. Poparł działania sekretarza politycznego Ernesta T. Richmonda, który rozszerzył władzę Najwyższej Rady Muzułmańskiej i zwiększył liczbę stanowisk rządowych obsadzonych przez Arabów. Clayton pomagał również podczas negocjacji granic Transjordanii.