Jego owocna praca została zauważona w Rzymie, większość biskupów amerykańskich mianowanych przez kolejne dwadzieścia lat dostąpiło tej godności za radą bpa Flageta. W roku 1819 poświęcił swą katedrę w Bardstown, w tym samym roku konsekrował również swego pierwszego biskupa-koadiutora J.B.M. Davida. W kolejnych latach poświęcił się pracy duszpasterskiej wśród Indian, zorganizował pierwszy synod diecezjalny, brał udział w pracach synodów prowincjonalnych w Baltimore. W 1832 bp Flaget zrezygnował z rządów diecezją, ordynariuszem został automatycznie bp David, a jeden z księży Guy Ignatius Chabrat PSS miał zostać jego koadiutorem. Po wielu protestach zarówno ze strony duchownych i wiernych, Flaget został przywrócony na swój urząd. Bp Chabrat został ostatecznie konsekrowany w 1834 i pozostał koadiutorem do śmierci w 1847. Lata 30. i 40. przyniosły dalszy rozwój Kościoła na zachodnich ziemiach. Założone zostały różne instytucje religijne w tym cztery szkoły, dwa klasztory, wspólnoty zakonne i kapłańskie. Dzięki osobistemu zaangażowaniu bpa Flageta zaczęły powstawać nowe diecezje, co ułatwiało zarządzanie tak ogromnymi terenami. Już w 1822 powstała diecezja Cincinnati dla ziem północnych, a w 1838 diecezja Nashville dla południowych terenów.