Podczas swojego pobytu w Berlinie zastanawiał się nad pochodzeniem złóż oceanicznych, zwracając szczególną uwagę na te utworzone w Staßfurcie. Jego długim współpracownikiem był W. Meyerhoffer, który wcześniej przez pewien czas pracował z van ’t Hoffem w Amsterdamie. Rezultaty jego badań, głównie publikowane w „Proceedings of the Prussian Academy of Sciences”, zebrał on w dwutomowym dziele Zur Bildung ozeanischer Salzablagerungen (1905–1909).
Van ’t Hoff doceniał rolę wyobraźni w pracy naukowej, o czym dobitnie świadczyło jego inauguracyjne wystąpienie, gdy otrzymał godność profesora w Amsterdamie. W Verbeeldingskracht in de Wetenschap (Potęga wyobraźni w nauce), opierając się na dokładnej analizie biografii wybitnych naukowców, doszedł do wniosku, że większość z nich w znacznym stopniu posiadło tę zdolność. Razem z Wilhelemem Ostwaldem założył Zeitschrift für physikalische Chemie w Lipsku i obaj zostali uznani za ojców chemii fizycznej.