Podczas potopu szwedzkiego, w 1657, kościół został podpalony przez Brandenburczyków. Zrabowano wówczas najcenniejsze przedmioty z zakrystii oraz sporo rękopisów i druków z bogatej biblioteki klasztornej. Do dziś znajdują się one w bibliotekach królewskich w Sztokholmie i Uppsali.
Odbudowę rozpoczęto już w 1658 pod kierownictwem Krzysztofa Bonadury Starszego, a następnie Jerzego Catenazziego. Budowę zakończono w 1668 i wówczas biskup sufragan, Maciej Kurski, który również był bernardynem, ponownie konsekrował kościół nadając mu wezwanie Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny.
Kolejnych poważnych zniszczeń świątynia doznała podczas huraganu w 1725. Renowacja miała miejsce w latach 1730–1736. Powstała wówczas dzisiejsza elewacja oraz charakterystyczne dwie wieże z dwuprześwitowymi hełmami projektu Jana Adama Stiera z Leszna oraz grupa figur świętych franciszkańskich w elewacji dłuta Franciszka Domsburgera ze Wschowy. W 1742 dobudowano od południowej strony kaplicę Matki Boskiej Loretańskiej, która zastąpiła wzniesiony tam w 1663 roku domek loretański, remont zwieńczył zaś dodanie w 1750 roku nowych organów.