Kres istnienia klasztoru bernardynów stanowiła jego kasata dokonana przez władze pruskie w 1835 roku, w 1839 roku kościół i klasztor zostały przejęte najpierw przez parafię św. Marcina (ostatni mnich, ojciec Julian Fujarski, zmarł w 1841 roku), a następnie w 1843 roku Gimnazjum św. Marii Magdaleny. Odtąd zespół pełnił rolę kościoła szkolnego.
Podczas II wojny światowej Niemcy zmienili świątynię w warsztaty malarskie opery. Zniszczono wówczas całe wyposażenie. Same budynki zostały zniszczone w 1945, podczas wyzwalania Poznania, kiedy to Niemcy umieścili w nim działo przeciwpancerne czyniąc z niego punkt oporu.
W 1947 ruiny zespołu przejęli wywodzący się z bernardynów minoryci Prowincji Wniebowzięcia NMP rozpoczynając w 1948 długotrwała odbudowę. Co prawda w 1951 kościół był na tyle wyremontowany, że konsekrowano go, nadając dzisiejsze wezwanie, jednak odbudowę zakończono dopiero w 1972, a ostatnie prace przeciągnęły się do 1983, kiedy to zakończono rekonstrukcję hełmów i dachu. W późniejszym okresie trwały też prace nad rekonstrukcją wnętrza i pomieszczeń klasztornych. W 1988 roku ukończono nowe skrzydło klasztoru które zajęło miejsce zniszczonej podczas wojny, a istniejącej od 1943 kaplicy św. Anny.