W trakcie procesu Kazimierz Łyszczyński zaprzeczał swojemu ateizmowi i twierdził, że w następnej części traktatu miał obalić argumenty za nieistnieniem Boga. Nie dano wiary jego wyjaśnieniom. Nie prosił więc o ułaskawienie, natomiast zwrócił się do króla Jana III Sobieskiego o zmianę kary ze spalenia żywcem na ścięcie mieczem.
Według Nowickiego Łyszczyński jest pierwszą osobą, która pisała o ateistach jako odrębnej grupie – twórcą kategorii „my ateiści”. Przykładowo, oskarżyciel miał stwierdzić, że Łyszczyński „często y okrutnie pisze Nos Athei ita demonstramus, że non est Deus” (my ateiści tak twierdzimy, że Bóg nie istnieje). Natomiast sformułowanie, że teolodzy „gaszą światło rozumu”, według Nowickiego, Łyszczyński mógł zapożyczyć od Giordana Bruna.
Wyrok thumb|Egzekucja Kazimierza Łyszczyńskiego (rys. Mikoły Ryżego wydany w 2009 na białoruskiej karcie pocztowej z okazji 375 rocznicy urodzin Kazimierza Łyszczyńskiego) Został skazany na karę śmierci i konfiskatę dóbr za ateizm. Tekst wyroku według listów biskupa kijowskiego Andrzeja Chryzostoma Załuskiego (w przekładzie polskim) brzmiał:
Król Jan III Sobieski na prośbę skazanego zamienił karę spalenia żywcem na uprzednie ścięcie mieczem.