W roku 1682 został wybrany przez szlachtę na podsędka powiatu brzeskiegoAndrzej Gąsiorowski (red.): Urzędnicy dawnej Rzeczypospolitej, t. VIII: Urzędnicy podlascy XIV-XVIII, Kórnik 1994, s. 117, 178. jako pierwszy kandydat, co niewątpliwie zostało kontrasygnowane przez króla, gdyż w 1685 roku był faktycznie sprawującym tę funkcję członkiem sądu ziemskiegoАкты, издаваемые Виленскою археографическою комиссиею, t. II, Wilno 1867, s. 77.. Funkcję tę pełnił w latach 1682–1689.

Jan III Sobieski, mianując go 3 maja 1682 na podsędka, pisał o zasługach Łyszczyńskiego dla ojczyzny:

Proces Łyszczyński zadenuncjowany został przez sąsiada, Jana Kazimierza Brzoskę (ówczesnego stolnika brasławskiego), który – nie chcąc zwrócić pożyczonej mu przez Łyszczyńskiego dużej sumy pieniędzy – wykradł i przekazał sądowi rękopis ateistycznego traktatu De non existentia Dei. Na tej podstawie z oskarżenia publicznego odbył się proces przed komisją sejmową (na sejmie nadzwyczajnym odbywającym się w Warszawie od 17 listopada 1688 do 1 kwietnia 1689, pod laską Stanisława Szczuki). Oskarżyciel Szymon Kurowicz Zabistowski (według Adryana Krzyżanowskiego) zarzucał Łyszczyńskiemu ponadto uznawanie małżeństwa za czysto cywilne (niesakramentalne) oraz nieprzestrzeganie zakazu małżeństw między osobami spokrewnionymi (wydanie córki za bliskiego krewnego).