Według relacji z egzekucji po spaleniu ciała jego prochy zostały wystrzelone z armaty.
Jednym na świecie symbolicznym nagrobkiem Łyszczyńskiego jest głaz w sąsiedztwie cerkwi Pokrowskiej w Szczytnikach Małych na Białorusi, w pobliżu Łyszczyc, w których się urodził i mieszkał, z wyrytym po białorusku epitafium, którego autorem jest sam Łyszczyński:
W czasach Związku Radzieckiego w Muzeum Ateizmu w Wilnie w centralnym miejscu znajdował się monumentalny witraż przedstawiający egzekucję Łyszczyńskiego wykonany przez litewskiego artystę Broniusa Gruszasa. Był tam też obraz Jonasa Mackonisa przedstawiający Łyszczyńskiego przed sądem biskupim. Muzeum w Grodnie posiada w swych zbiorach obraz A. Silwiestrowa przedstawiający ścięcie Łyszczyńskiego.
Doczekał się upamiętnienia zarówno w Polsce, jak i na Białorusi: Koalicja Ateistyczna przeprowadza w Warszawie co roku inscenizację ścięcia Łyszczyńskiego; 4 marca 2009 roku przypadała 375. rocznica urodzin Kazimierza Łyszczyńskiego. Z tej okazji na Białorusi wprowadzono do obiegu okolicznościową kartkę pocztową ze specjalnym znaczkiem.