W Polsce Łyszczyński nie posiada materialnego upamiętnienia – pomnika, symbolicznego nagrobka lub tablicy pamiątkowej. W żadnym mieście nie ma też w Polsce ulicy, placu, skweru, szkoły lub jakiejkolwiek instytucji noszącej imię Kazimierza Łyszczyńskiego. O upamiętnienie Łyszczyńskiego pomnikiem polscy ateiści apelują od czasów międzywojennych.
Istnieje w Polsce ateistyczna Fundacja im. Kazimierza Łyszczyńskiego. Łyszczyński jest też patronem Internetowej Listy Ateistów i Agnostyków.
Aby podtrzymać i upowszechniać pamięć o Łyszczyńskim Koalicja Ateistyczna od 2013 roku w weekend w okolicach 30 marca (dzień śmierci Łyszczyńskiego) urządza na Rynku Starego Miasta w Warszawie inscenizację egzekucji Kazimierza Łyszczyńskiego jako wydarzenie finałowe warszawskiego Marszu Ateistów. Pomysłodawcą inscenizacji i akcji o nazwie „Łyszczyński wraca do miasta” było Polskie Stowarzyszenie Racjonalistów. W inscenizacji w postać Łyszczyńskiego wcielają się znane postacie świata polityki i nauki – w 2014 filozof profesor Jan Hartman, w 2017 polityczka profesor Joanna Senyszyn.
30 marca (dzień kaźni Łyszczyńskiego) jest w Polsce nieoficjalnym Dniem Ateizmu.
W literaturze i muzyce W swojej powieści Nietota.